D'étrange meurtre sont commis dans la banlieu de Raccoon City. L'équipe Bravo des S.T.A.R.S est envoyé pour enquêter sur le Manoir Spencer, dans la forêt au nord-ouest de Raccoon City. C'est alors qu'une panne de moteur survient sur l'hélicoptère de l'équipe Bravo, les obligeants à attérir en urgence dans la forêt de Raccoon. Sur leurs chemins, ils trouveront une jeep ainsi que ses occupants... Morts. Apparament, ces soldats devaient transférer un détenu, Billy Coen, accusé du meurtre de 23 personnes lorsque le prisonnier les a massacré et à pris la fuite... Rebecca Chambers, la plus jeune recrue des S.T.A.R.S va, en poursuivant son investigation dans la forêt, remarquer un train à l'arrêt ; l'Ecliptic Express. Elle décida d'entrer y jetter un œil...